我国是一个缺水严重的国家。我国淡水资源总量约为28000亿立方米，占全球水资源的6％，仅次于巴西、俄罗斯和加拿大，居世界第四位；但人均不到2200立方米，仅为世界平均水平的四分之一，全国600多座城市的三分之二存在供水不足问题，其中比较严重的缺水城市达110个。同时，水资源地区分布极不均衡，占国土面积三分之一的长江流域及其以南地区的水资源量占了全国的8成；而占国土面积近三分之二的淮河流域及其以北地区的水资源量只占全国的2成，部分省（区）极度缺水。在水资源如此宝贵的情况下，水体污染严重，2010年全国废污水的排放总量达到了750亿吨，三分之二的湖泊富营养化，河流水质的不达标率接近40%，其中丧失了利用价值的劣五类水占了20%，直接威胁到人民饮水安全和身心健康。
　　为了进一步有效保护水资源，防止水污染，提高水资源利用的质量和效率，转变资源要素粗放投入的经济发展方式，深化资源税改革，完善公共财政体系，建议将水资源纳入资源税的征收范围，由当前征收的水资源费改为水资源税，推进建立规范的水资源税制体系。
　　首先，要逐步建立完善水资源税制体系。目前，我国对水资源费的征收管理主要以《取水许可和水资源费征收管理条例》和各省（区、市）制订的水资源费征收管理办法为依据。一般来说，在立法层次、执行力度方面，税要明显高于费，政策效果更强。为了强化企业、居民乃至全社会的节水意识，把水资源保护提到更紧迫的议事日程，适时修订资源税法，把水资源纳入资源税征收范围，推进水资源“费改税”工作显得十分必要且紧迫。要以环境保护法、水法、水污染防治法、资源税法为法律支撑，加快建立水资源税的征收和管理体制，切实保障水资源的可持续利用和发展。
　　其次，研究制定合理的征收标准。要根据地表和地下水资源不同的类别，以及不同的用途，实行不同的征收税率，利用税收价格杠杆引导节约用水、保护水源。同时，在现有基础上，提高征收标准，严格落实累进征收制度，切实体现水资源的稀缺性。一方面，要考虑居民生活用水成本，不宜提高过多、过快；另一方面，要加大工业、农业的用水成本，遏制那种粗放使用、大水漫灌、随意排污等不良现象，引导提高水资源的利用质量和效率。此外，根据各地区的水资源条件和利用状况，实行相适应的征收标准，并制订优惠政策，通过税收优惠、返还等方式，积极鼓励污水治理、中水回用等，倡导使用新的技术手段、新的工艺流程节约水资源。
　　第三，加强水资源税的征收管理。目前实行的水资源费由县级以上人民政府水行政主管部门负责征收、财政部门负责管理、价格主管部门负责监督，存在着行政裁量权大、缺乏对违法行为的强制执行、水资源使用和排污监管缺乏有效协调配合等现象，不利形成监管合力。为避免多头管理，水资源税的征收管理应该规范统一，可以仍由水行政主管部门统一代征，采用源泉扣缴、自行申报等方法，加强水资源取用的监管；税务部门要明确纳税人的申报期限、违法责任，保证税款及时入库，做到专款专用，推进水资源的保护、开发和利用。