由于“小产权房”交易行为冲破了我国现行的集体所有制土地的流转限制，6月18日，国家建设部对购买“小产权房”的居民发出风险提示，建议居民不要购买，否则，该产权无法得到国家确认。随后，土地行政管理机关也发文制止“小产权房”的违法建设行为。但这些严管通告并未使“小产权房”的交易和建设止步，相反还有在全国各地不断漫延的趋势。
要根治“小产权房”的问题，得先清楚其成因。“小产权房”是随着九十年代初期的广东、浙江、江苏等省改革开放和城市化推进应运而生的，其产生诸多社会原因。主要有：一、工业建设、城市公共设施建设需征用大量的农村集体所有土地，规划区内村民有大量的住房和宅基地使用权闲置，并可满足城镇居民住房需求。近年来，各省在规划区范围内大量拆迁的村民住房，按各自安置补偿政策，一般每户3人以内安置一处宅基地（50平方米内），7人以内安置100平方米以内宅基地一处，且最高可建造5层以下的规划的要求。一户4人的家庭最多可建造500平方米的安置房，人均住房面积在100平方米以上。而且村民被拆迁补偿安置的宅基地通常紧靠城市或工业区，完全可以分享接近甚至超过城镇的公共设施和社会服务，能满足城镇居民的择房需求。二、对农村宅基地的相关管理不完善。九十年代中后期开始，由于管理体制原因，房屋和其所占有的土地使用权分别由建设和土地行政管理机关各自进行权属登记。许多地区的建设行政机关直接将农村宅基地上非宅基地使用权人建造的房屋直接登记在建造人名下。甚至部分商业银行也为此提供建房或装饰按揭贷款。这在一定程度上助长了“小产权房”的非法建设和交易行为。三、国家对被征地农民的补偿政策严重滞后。迫使失地农民以仅存的有限资源（宅基地使用权）换取其将来的生产、生活保障。1986年颁布施行的《土地管理法》第47条规定，对被征地农民的补偿安置标准不得超过土地前3年平均产值的30倍。该标准20年不变。在经济相对发达地区的浙江省某市，尽管在“国发（2004）28号《决定》”前就实行了“土地区片综合价”进行征地安置补偿，而被征地的农民获得的所有补偿仅够重建一处当地通常标准的住房。失地农民中的部分村民，将补偿安置后的宅基地以非法转让的方式变卖，以补偿子女就学、就医和另行谋取生计的资本。四、国家在对城镇居民和农村村民在拥有完整房屋产权资源的配置上存在“城乡差别”。国家对农村村民宅基地使用权流转的限制和对城镇居民“房改房”以及“经济适用房”限期上市交易政策的差别对待，以及国家以建设用地为由低价征用农民土地并高于征地价10倍甚至更高价出让土地使用权参与集体所有土地资源再分配政策，以浙江某市为例，工业用地竞价出让价是政府征地成本的10倍以上，商业用地则更高，达20倍以上，这使村集体和农民心理严重失衡，不顾法律政策的限制，从容地从事非法土地使用权转让，甚至为非法建造、转让的房屋颁发“乡、村产权证书”。五、全国各主要城市、经济发达地区的持续上涨的高房价趋势，也成了“小产权房”非法交易的“驱动力”。据了解，北京的“小产权房”价格是该地区“商品房”价格的30%。
综上，“小产权房”现象，涉及经济法律、行政管理、道德诚信、社会公平等诸多领域的社会因素。产生时间较长、关联利益主体面广量大，而且都是人民群众最直接的利益问题，处理起来较为复杂。因此，要立足“以人为本”的理念，以“发展”的思路，理性、慎重、妥善地进行。如涉及立法解决城乡社会资源配置不平衡问题，可通过调研并立法解决。涉及当前继续扩散的“小产权房”问题，则可通过土地、建设行政管理机关的监管控制来解决。涉及已建部分的小产权房，在国家规范性文件出台以前，可由省、市、自治区出台地方性规范性文件予以解决。
为此具体建议如下：
一、全国人大常委会在国土资源部调研的基础上，结合广东等省试行的村集体所有的村民宅基地流转方式经验，修改《中华人民共和国土地管理法》中的部分条款。允许农村村民的宅基地使用权于该地上房屋竣工之日起5年后，可被国家征用并出让给受让该房屋的购房者。
允许农村村民对合法拥有的宅基地使用权以协商、竞价的方式，通过国家征用后，定向出让给宅基地使用权的受让者。
上述二种形式出让宅基地使用权获得的出让金，由国家、原拥有土地所有权的村集体、原宅基地使用者的村民各按三分之一分配。另涉及宅基地使用权人赠与、继承方式转让该使用权的，仅限于使用权人个人可得的三分之一部分等值的权益。
二、全国人大常委会应将《中华人民共和国城市房地产管理法》修改为《中华人民共和国房地产管理法》。将城镇、农村（含农村村民在宅基地上建造的房屋）的房地产都纳入该法的范围进行调整。
三、全国人大常委会、国务院应修改《中华人民共和国城市房地产管理法》、《土地登记规则》、《城市房屋权属登记管理条例》的有关法律、行政法规规定，强制实行“房地产权属一证制”。规定县级以上地方人民政府由一部门统一负责房产管理和土地管理工作，制作并颁发统一的《房地产权证书》。以解决现行的土地、房屋分割管理发证的缺陷。
四、对于违法在建“小产权房”的违法行为人，由县级以上土地行政管理机关、建设行政管理机关依照《中华人民共和国土地管理法》、各省级地方性规章《土地监察条例》和《村庄和集镇规划管理条例》有关规定，责令违法行为人立即停止违法行为，对违法抢建的，依法强制拆除。
五、对于已建成的“小产权房”，根据实际情况，分别作出处理。
各省、市、自治区应尽快就处理“小产权房”出台相应的规范性文件。 对已建成的“小产权房”符合土地利用总体规划和不严重违反村庄集镇建设规划的，由土地行政机关按《中华人民共和国城市房地产管理法》第73条规定，没收地上建筑物和其他设施，可并处罚款。经有关机构评估符合颁发产权证的规划、质量条件的，可按国家处理罚没物的形式，许可“小产权房”的违法行为人定向购回，购房人购房款上缴国库，按程序补办国有土地出让以及房地产权属登记。这样既依法执行了法律，又让违法者增加了违法行为的成本。同时又减少国家财产的损失，且又不违反法律的规定（法律不禁止定向处理罚没品）。
对于已建成的“小产权房”违反土地利用总体规划或符合土地利用总体规划，但严重违反村庄集镇建设规划的，责令违法行为人限期拆除，否则依照《土地管理法》第73条规定，没收该建筑物和其他设施，可并处罚款。