为改善组织结构，提高参政议政水平和为经济建设服务能力，近年来，省委会把在高等院校发展会员、建立组织作为组织建设中一项重要工作来抓。2001年、2003年先后召开在杭主要高校统战联谊座谈会，加强与各高校的联系沟通，逐步形成共识。在各高校党委部门的支持、帮助下，这几年我会在省属高校发展了一批素质较高的会员，他们多数有高级职称或研究生以上学历，在本职工作中取得较好成绩，为会输入了新鲜血液，增强了后劲。目前，在省属高校的会员除立足本职，积极参与学校的改革发展，受到各高校党委部门的认同外，还通过各种渠道积极履行参政党职能，成为省委会参政议政的一支重要力量。
2003年12月16日，民建杭州商学院支部成立。这是我会建立的又一个省属院校支部。杭商院党委副书记廖日文、统战部长及各党派代表到会祝贺。省委会副主委郭吉丰代表省委会参加会议并致贺词。会议选举钱水土为支部主任，王宝庆为支部副主任。
12月23日，民建浙江大学总支部成立。目前，我会在浙大除玉泉校区外，在另外三个校区也相继发展了一些成员。为便于开展活动、加强组织建设、更好地围绕各校区工作建言献策，这次借浙大支部换届之际，在原浙大支部的基础上成立了浙大总支，下设二个支部。浙江大学党委副书记庞学铨、统战部长及兄弟党派代表到会祝贺，民建省属各支部也发来贺信。省委会主委吴国华代表省委会出席会议，并作了讲话。吴主委充分肯定浙大支部近年来在加强思想建设、组织建设和履行党派职能方面取得的成绩。指出2004年我会工作重点是加强基层组织建设，希望按照把基层组织真正建设成为"自我教育的学校，参政议政的桥梁，团结互助的集体，培养人才的基地"的要求来组建、发展和完善基层组织，积极探索新形势下搞好基层组织建设的途径、方法，走出一条行之有效的路子。会议选举郭吉丰为总支主任，郑明川为总支副主任，王紫雯、张英、谢关林为总支委员，同时选举产生了下设的二个支部的班子成员。
杭商院支部及浙大总支的成立，为我会在省属高校的组织建设翻开新的一页。这与两所院校党委部门的支持分不开，更与会员们的努力分不开。正如两校领导在贺词中说的那样，民建在学校的会员人数虽不多，但素质好，教学科研、参政议政的热情和水平较高，取得可喜成绩。相信民建杭商院支部、浙大总支及支部在班子成员的带领下，在学校党委统战部门的关心支持下，在省委会、省属工委的领导帮助下，会不断加强自身建设，提高参政议政水平，发挥会员专长，形成合力，使参政党基层组织的作用进一步得到发挥。