资本主义工商业的社会主义改造基本完成以后，民建工作的重点是加强对会员和工商业者的思想工作，帮助他们改造政治立场和世界观，并组织参加劳动，把自己改造成为自食其力的社会主义劳动者。
    1957年，全国开展反右派斗争，民建从批判章乃器开始，组织会员和工商界骨干分子，投入这场运动。由于反右派斗争的严重扩大化，全省工商界人士被错划为右派分子者，人数达818人，其中民建会员121人。反右派斗争后，进行整风，开展“向党交心”，即自我思想揭露和批判。
    1958年，在全国“大跃进”形势的影响下，是年2月民建中央、全国工商联号召各地组织，积极推动会员“自我改造大竞赛，投人生产大跃进，力争三年内改造成为自食其力的劳动者”。民建省工委提出“保证三年，力争提前，把自己改造成为自食其力的劳动者”。有些工商业者提出要“三放”，即放弃定息，放弃高薪，下放劳动。对此，中共中央统战部副部长徐冰根据中共中央指示，在1959年元旦招待民建、工商联人士的宴会上宣布了“五不变”政策。即：定息政策不变，领不领听便，高薪不变，政治上适当安排不变，学衔不变，根本改造不变。
    1959年，中共开展全国性的反右倾运动，当时会员的心情紧张，怕运动又搞到自己头上来。是年9月15日，毛泽东主席对党外人士讲了“三个大有进步”：民主党派大有进步，知识分子大有进步，工商界大有进步。宣布党外不“反右倾”。会员的思想有所稳定。此时，民建的工作是组织会员学习总路线、“大跃进”、人民公社的有关文件和文章，推动会员积极为社会主义建没服务，为“大跃进”贡献力量。
    1960年2月，国家主席刘少奇在民建中央、全国工商联召开的“神仙会”上重申“五不变”政策。即：定息不变，高薪不变，政治安排不变，学衔不变，生活待遇不变。号召厂商界要“顾一头，一边倒”。即：顾国家利益、人民利益这一头，倒向社会主义一边。一心一意跟党走，一心一意接受社会主义改造，一心一意为社会主义服务。民建会员思想上紧绷着的弦有所松弛。学习和思想教育的方式也有听改变：以和风细雨的方式。采取“三自”，“三不”(自己提出问题，自己分析问题，自己解决问题；不抓“辫子”，不戴“帽子”，不打“棍子”)的方针。民建会员和工商业者在“神仙会”上讲心里话，畅抒胸臆，坚定了接受改造，走社会主义道路的信心和决心。提出“听毛主席话，跟共产党走，走社会主义道路”的行动纲领，提高了为社会主义服务的枳极性。面对当时遇到的三年经济闲难，能够以积极的态度，与共产党同心同德，同甘共苦，振奋精神，积极工作，共度困难。
    民建对会员和工商业者进行思想政治工作的另一种重要形式是举办工商界讲习班和工商界政治学校。1956年8月，中共浙江省委制订《关于组织和帮助资产阶级分子进行政治学习和理论学习的三年(1956－1958)规划》。当年末，杭州、宁波、温州等市民建、工商联在中共市委统战部的帮助下，办起了工商界讲习班，组织会员和工商界骨干分子1.5万余人，进行脱产学习。1958年12月，举办浙江省政治学校，学员是各界人士，包括部分民建、工商联骨干分子。共办2期，每期4个月。1962年10月以后，改办“浙江省工商界政治学校”，专门轮训民建会员和工商界人士，共办了3期，每期2至5个月。主要学习社会发展史，认识社会主义代替资本主义是历史发展的必然规律，坚定走社会主义道路的信念。
    在“千万不要忘记阶级斗争”，“阶级斗争要年年讲，月月讲，天天讲”的思想路线指导下，1963年开始，对民建会员在“神仙会”上暴露的一些思想认识问题，以及在会上讲的真心话，被归纳为所渭“思想大反复”。在组织学习时，以批判“大反复”为主题，有的会员被点名批判。之后，又组织会员和工商业者学习有关“四清”和国际上“反对修正主义”等方面的文件和文章，进行“三个主义”(爱国主义，社会主义，国际主义)教育。
    这一时期，民建组织基本停止发展。全省民建会员从1956年的1067人减至1966年的944人。“文革”后又减至808人(1980年统汁)。民建会员在省、市政府担任的领导职务逐渐减少。凡被划为“右派分子”或戴上其他政治“帽子”的，均被撤销政府职务；任基层领导职务的，在下放劳动后自然去职；有的在政府的领导职务作了凋整(如副市长调任政协副主席)。在政协和人大代表中，仍保留民建代表人士。如1958年10月省政协二届一次会议产生的副主席、常委、委员中，民建会员被选为副主席1人，常委7人，委员33人。1964年9月省政协三届委员中，民建会员当选的副主席2人，常委5人，委员30人；但在“阶级斗争为纲”的思想指导下，民建组织及会员，头上有“帽子”，是“改造对象”，参政议政、民主监督的积极性大为削弱。
    1966年7月至1976年10月的“文革”期间，民建组织被迫停止活动，机关房屋被强占，办公用具被抢掠，领导成员被揪斗，机关干部进厂校劳动，成员受冲击，有的被迫害致死。